Растительность парка

Естественная растительность парка - сложные ельники и широколиственные леса. Ель здесь - коренная  лесообразующая порода. Однако на долю еловых лесов зонального типа приходится меньше четверти всей лесопокрытой площади.
На территории парка широколиственные леса (дуб, вяз, ясень) представлены небольшими фрагментами. В местах сплошных рубок часто встречаются чистые липовые насаждения. К широколиственным породам обычно в той или иной степени примешана ель.
В отношении флористического богатства парк представляет несомненную ценность.  На территории парка отмечено около 900 видов сосудистых растений, среди которых много интересных видов, как в научном (редких, реликтовых, стенотопных, видов на границе ареала и т.д.), так и в практическом (лекарственных, пищевых, кормовых, дубильных и пр.) отношении.
На сегодняшний день составлены описания окрестностей  всех крупных озер парка, массивов сфагновых болот, рек - всего около 70 ландшафтных выделов. Большинство отмеченных видов подтверждено гербарными образцами.
По количеству видов сосудистых растений, обнаруженных и описанных национальный парк превосходит многие охраняемые территории центральной Росиии. На территории парка отмечено единственное место произрастания в Средней России Наяды морской (Najas marina), известной также лишь с побережья Балтийского моря и солонцеватых водоемов низовьев Дона. В р. Должица и Ельша собраны очень интересные Рдесты (Potamogeton), один из них - Рдест узловатый (Potamogeton nodosus) известен лишь из черноземной полосы, а другой - Рдест Шребера (Potamogeton  х schreberi) отмечен впервые в России.
В национальном парке произрастают около 25 видов природной флоры России достоверно не известных более нигде в Смоленской области и впервые для области отмеченных на территории парка (Решетникова, 1999, Решетникова, Киричок, 2000; Решетникова, 2000). Среди них редкие в Средней полосе Гроздовник виргинский и Гроздовник ромашколистный, Ежеголовка скученная, Пухонос альпийский, Осока болотолюбивая, Тайник сердцевидный, Зубянка пятилисточковая, Лунник оживающий, Горошек тонколистный.
Многие редкие в Средней России виды представлены в большом числе и распространены на многих участках территории национального парка. Например, Печеночница благородная, Манник литовский, Цинна широколистная, Лютик шерстистый, Сердечник извилистый, Горошек кашубский.
В составе известной  на данный момент флоры парка имеются 65 видов, занесенных в Красную книгу Смоленской области и 10 видов в Красную книгу РСФСР (1988 г.).